A Primeira Instância da Justiça Militar do Estado de São Paulo conta com cinco Auditorias Militares (corresponde às Varas na Justiça Comum), todas sediadas na Rua Dr. Vila Nova, 285, assim como o Tribunal de Justiça Militar.
A competência da Justiça Militar Estadual sofreu profunda alteração diante das modificações introduzidas no artigo 125 da Constituição Federal pela Emenda Constitucional nº 45/04, havendo hoje uma distinção bem marcante da Justiça Militar da União.
O juiz auditor passou a ter a denominação de juiz de direito do juízo militar, com a competência para processar e julgar, singularmente, os crimes militares cometidos contra civis (com exceção dos dolosos contra vida cuja competência é do júri), e as ações judiciais contra atos disciplinares militares.
Os Conselhos de Justiça, agora sob a presidência do juiz de direito do juízo militar, passaram a ter a competência apenas para processar e julgar os demais crimes militares.
O Conselho Especial de Justiça (constituído para cada processo) é composto por um juiz de direito do juízo militar (Presidente) e quatro juízes militares de posto superior ao do acusado, tendo como competência processar e julgar oficiais da Polícia Militar nos crimes militares cujas vítimas não sejam civis.
O Conselho Permanente de Justiça (constituído trimestralmente) é composto por um juiz de direito do juízo militar (Presidente) e quatro juízes militares, sendo um oficial do posto de tenente-coronel ou major e três oficiais do posto de capitão ou primeiro tenente, tendo como competência: processar e julgar praças (não oficiais) nos crimes militares cujas vítimas não sejam civis.
Fonte: Tribunal de Justiça Militar do Estado de São Paulo
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